El Fondo otorga importancia a proyectos en la medida que coadyuven y sirvan de soporte al logro de los resultados en las líneas temáticas priorizadas, incluyendo proyectos de investigación y que contribuyan al aprendizaje durante la implementación de los proyectos.
Para el periodo comprendido entre julio 2012 y julio 2016, Conexión tiene previsto implementar diferentes modalidades para la asignación de recursos:
- Concurso interno entre proyectos vigentes seleccionados por su carácter estratégico: Julio/agosto 2012.
- Tercera convocatoria pública a proyectos: 2 de septiembre 2012.
- Convocatorias públicas temáticas y regionales: Primer semestre de 2013 y de 2015.
- Asignación directa de recursos para proyectos puntuales vinculados a la coyuntura entre enero 2013 y diciembre 2015.
- Asignación directa de recursos para proyectos de emergencia.
El Fondo no financia la construcción, remodelación o ampliación de infraestructura, compra de inmuebles, anticréticos, así como tampoco la adquisición de vehículos ni su mantenimiento. Tampoco cubre ningún tipo de seguros.